In 1904 bouwde de firma Maarschalkerweerd & Zoon (Utrecht), voor een somma van fl 7000,-, het orgel voor de Nieuwe Doopsgezinde Kerk in Amsterdam. Het orgel krijgt een pneumatische toets- en registertractuur. Bijzonder is de klavieromvang die hiet van C - g"' loopt.
In 1958 restaureerde de firma Willem van Leeuwen (Leiderdorp) het orgel en wijzigde daarbij de dispositie. Hubert Schreurs van Adema's Kerkorgelbouw (Amsterdam) voert in 1971 een restauratie uit. Het kerkgebouw met orgel gaat in 1978 over naar de Gereformeerde Kerk Vrijgemaakt.In 2008 reviseerde Flentrop Orgelbouw het orgel. Ondanks deze wijzigingen bleef de technische aanleg van het orgel grotendeels bewaard.
In het voorjaar van 2021 is een restauratie door Rini Wimmenhove uitgevoerd.
De oorspronkelijke dispositie luidde:
| Hoofdwerk: | Zwelwerk: | Pedaal: | |||||
| Bourdon | 16' | Cor de Nuit | 8' | Subbas | 16' | ||
| Prestant | 8' | Gamba | 8' | Fluit | 8' | ||
| Flûte Harmonique | 8' | Voix Céleste | 8' | Basson | 16' | ||
| Prestant | 4' | Flûte Octaviante | 4' | ||||
| Doublet | 2 2/3'-2' | ||||||
| Vox Humana | 8' | ||||||
| Basson-Hobo 8 | 8' | ||||||
| Trompet | 8' |
Na de werkzaamheden door Van Leeuwen in 1958 luidde de dispositie:
| Hoofdwerk: | Zwelwerk: | Pedaal: | |||||
| Prestant | 8' | Roerfluit | 8' | Subbas | 16' | ||
| Holpijp | 8' | Quintadeen | 8' | Fluitbas | 8' | ||
| Fluit | 4' | Gamba | 8' | Octaaf | 4' | ||
| Mixtuur | V | Openfluit | 4' | ||||
| Nasart | 2 2/3' | ||||||
| Prestant | 2' | ||||||
| Terts | 1 3/5' | ||||||
| Sesquialter | II | ||||||
| Kromhoorn | 8' |
De tekeningen zijn afkomstig uit het gemeentearchief van Amsterdam.